Zehn Jahre nach Entdeckung der Röntgenstrahlen im Jahre 1896 war bekannt, dass die Strahlung Gewebe schädigt. Heute, mehr als 30 Jahre nach Einführung der Kernspintomographie in die klinische Routine, sind nachhaltige gesundheitliche Schäden nicht bekannt, sodass Untersuchungen – wenn notwendig – auch z. B. in der Schwangerschaft durchgeführt werden können.
Theoretisch gibt es durch die Radiowellen einen Mikrowelleneffekt, das heißt die Körpertemperatur kann sich durch die Anregung der „Kerne“ im Wasser erhöhen.
Das starke Magnetfeld bedeutet eine Gefahr für Patienten mit metallischen Fremdkörpern, z. B. Gefäßclips im Kopf, die sich bewegen könnten, mit der Folge fataler Blutungen. Auch ein Herzschrittmacher würde in einem Magnetfeld seine Funktion einstellen. Zusätzlich ergibt sich durch die Radiowellen ein Aufheizeffekt in den langen Kathetersonden im Herzmuskel, was zu einer Verbrennung und späterer Vernarbung um die Drähte im Herzmuskel führen könnte. Damit droht ein Funktionsverlust des Herzschrittmachers.
Es gibt weitere, theoretisch denkbare Gefahren, die jedoch bisher nicht bestätigt sind. Auf dieser wahrscheinlichen Ungefährlichkeit des Verfahrens beruht u. a. die ständig zunehmende Anwendung bei immer neuen Fragestellungen.